不用biocLite安装Bioconductor包

Bioconductor包的标准安装方法是：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(pkg_name)

这其实是非常不好的，多年以来，一直没有改进，试想一下，bioconductor的网站如果被人黑了，放一段危险的代码，然后你却傻傻地去source它，真的是画面太美！

Bioconductor终于是想要改变了，往CRAN上扔了一个叫BiocManager的包，以后通过CRAN安装这个包，再通过这个包来安装Bioconductor的包，显得安全多了，也不用大家费辣么多口水说你得先source一段网上的代码，当然这个BiocManager还不成熟，起码还没有在BiocInstaller加载的时候提示大家转而用BiocManager，也没有在Bioconductor的网页上介绍使用它来安装。

个人的经验嘛，我安装之后，加载出错，认不出我用的Bioconductor版本。

> require(BiocManager)
Loading required package: BiocManager
Error: package or namespace load failed for ‘BiocManager’:
 .onAttach failed in attachNamespace() for 'BiocManager', details:
  call: NULL
  error: invalid version specification ‘Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?’

希望以后会好起来，然而现在你还只能傻傻地去source一段网上的代码。

今天要告诉大家一个小贴士，让你用install.packages来安装CRAN和Bioconductor所有的包，我最近就这么干，因为我回到广州之后，发现library(BiocInstaller)有些慢，而我是个没耐心的人，所以我就绕过它来安装包了。

你要做的很简单，在~/.Rprofile里加入以下两行：

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

utils::setRepositories(ind=1:2)

第一行，使用国内的镜像，我这里用的是清华大学的，第二行，设定install.packages从CRAN和Bioconductor中搜索包，其实你还可以让它支持比如R-Forge以及各种第三方的仓库。

然后你就可以愉快地使用install.packages来安装Bioconductor包了。

当然Bioconductor这帮人搞BiocInstaller或者BiocManager是有原因的，因为Bioconductor和R版本绑定，为了确保用户不把包安装在错误的版本上。而你自己强搞的话，是有可能乱搞的，所以如果你要用我这个小贴士的话，请确保你一直在使用最新版本的R。能力越大，责任越大。自己瞎搞得有能力解决搞出的各种问题。

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